2016年6月6日，商務部發布了《關于印發國家稅務總局和地方稅務局必要的聯合檢查管理工作的通知(試行)》(水綜發〔2016〕84號)，要求今后各地稅務和地方稅務局要積極實施聯合財務審計。該行動計劃包括以下六個方面:
國稅實現稅源數據、案件線索、調查研究成果、上海財稅網數據等數據共享
共同確定聯戶檢查簡單，中小企業是兩國重點項目，是國稅地稅聯合檢查的重點對象之一
國家稅務機關應指定不少于2名檢查員組成聯合檢查組，并實施明確的檢查步驟
國稅就刑事案件聯戶檢查交換意見，單獨辦案，違反同一稅法，統一國際認定和金融處罰標準
在檢查步驟中，國稅咨詢根據情況實時采取稅收保全和強制政策
刑事案件稽查中獲得的稽查研究成果，在第一時間大量交付給其他稅務機關
1.檢查范圍明顯擴大，中小企業面臨巨大的輿論壓力
2.檢查周會更長。由于國家和地方稅收的協調，上海財稅網的檢查結果會比較慢
3.中小企業的解釋和研究一定要考慮的更全面，否則更容易互相看不到
4.輿論對結案的壓力極大
1.必須協調所提供的信息。對于同一業務，提供給國家稅務政府機構的信息必須完全一致
2.這需要足夠的耐心，審計程序才能緩慢，案件才能如期結案。
3.需要考慮如何向國稅提供解釋。相同的業務應該有完全相同的解釋，這與內部政府機構的建議相沖突
4.必須考慮計算稅收補充的生產成本
個人所得稅，
三大增值稅的協調
5.更加注重日常業務立法文件和商業單據的保管和處理