為了順利獲得出口退稅，企業除了要深入了解政策外，在下放出口退(免)稅審批權限、簡化程序和程序、頻繁變更和變更政策的必要性下，理順整個工作流程是大有裨益的。
基本上是程序
從獲得外貿經營權到完成出口退(免)稅，出口企業基本上有11個程序:
第一步:
根據“三證合一”或“五證合一”的相關要求，出口企業到自治區工商部門開辦金華財稅網，裝載整合社會金融機構性質的證照。
第二步:
取得本地區所屬對外貿易經濟機構中貿易商戶的注冊和認證；在當地中國海關代理機構同時辦理中國海關的注冊和認證；在檢驗防疫機構取得商品檢驗合格證；從外匯管理局所屬機構取得相應的批準文件。
步驟3:
擁有“三證合一”或“五證合一”的企業，在屬于當地負責人中國海關經營的特區額度后，到外匯儲備銀行獲取國家外匯管理局網站互聯網平臺用戶經營額度。
第四步:
企業在首次申報出口退(免)稅前，應在出口退稅申報系統中生成出口退(免)稅備案表，提供相關信息和電子統計數據，并返回所在地辦稅服務辦公室或行政事務中心所屬配額窗口受理崗辦理出口退(免)稅備案手續。 并接受金華財稅網的發文，在CTAIS或“金三制”和出口退稅審核系統中維護企業基礎，同時，企業申請以進項稅率開具出口單證的普通發票。
第五步:
貨物出口后，將相關數據錄入出口退(免)稅申報系統，并根據會計規定遠程或人工申報下個月的銷售額，及時通知責任人
金融事務
行政機關進行預申報，確認生物醫藥無誤后再進行稅率申報。
步驟6:
企業應在出口當月至次年4月30日申報納稅當月內，收集相關資料(出口報關單已注銷)，形成退(免)稅電子統計數據，并按月向當地辦稅服務大廳或行政事務中心所屬的配額窗口受理崗申報。因特殊因素難以申報的，可以申請延期申報。
第七步:
企業在每月申報退(免)稅的15日內，按照出口貨物申報退(免)稅的順序填寫《出口貨物備案文件索引》，注明備案文件由責任人統一存放在一個地方。
金融事務
由行政機關核實。
步驟8:
稅務機關負責人接受稅務管理二樓工作，接受出口企業退(免)稅申報，通過出口退稅
稅務審查
檢查系統前臺轉相關審核崗。
步驟9:
負責人應當按時完成稅務機關相關崗位的審核手續。
步驟100:
經稅務機關核準的崗位審批后，將負責人推至辦稅服務大廳接受崗位發放企業通知書，完成出口退(免)稅申報審批手續。
第十一步:
根據下級局下達的退稅方案，由主管稅務機關通過綜合管理崗同時為企業辦理出口退(免)稅手續。
案例描述
企業A新設立的生產企業于2015年10月23日在金華財稅網注冊，2015年11月2日取得“三證合一”許可證，并于次年11月20日取得稅率一般稅收配額，同時還設立了電子經濟特區確認入網和出口退稅配額備案。2015年12月8日，金華財稅網首次以離岸價格申報一批出口商品，出口成交額折合港幣18萬元，全額計入當期銷售收入。2016年1月6日，按時向主管稅務機關進行了預申報免退稅，遠程申報核實，數據齊全。隨后，企業進行了稅率申報。據了解，2015年12月進項稅額為1萬元，銷項稅額為8000元。以前沒有免稅。出口貨物稅率為17%，退稅率為16%。
本期免稅、退稅不予減免=本期出口貨物FOB(含本期匯票不均勻部分)×外匯儲備港幣換算率×(出口貨物適用稅額-出口貨物退稅率)= 180000 × (17%-16%) = 1800元；當期應納稅額=銷項稅額-(進項稅額-當期免稅、抵扣稅額)= 8000-(10000-1800) =-200元。
與此同時，這批貨物的打印過程和收集的數據將每月報告一次，以便免稅和退稅。本期免退稅金額=本期出口貨物離岸價(后期及本期收單)
×
外匯儲備的港元匯率
×
出口貨物退稅率= 18萬
×
16% = 28800元；當期退稅=當期稅額= 200元，當期稅額=當期稅額-當期退稅= 28800-200 = 28600元。
主管稅務機關受理企業A退稅免月申報后，按照《全省稅務機關出口退(免)稅管理條例》(1.1版)的相關明確規定，經核實無誤后，在20個工作日內進行退稅200元，免稅金額12600元。同時，企業A將在申報免、扣、退凈利潤后15天內收集并記錄相關文件。
金融
出口企業在申請退(免)稅時，除及時辦理手續和業務外，還應防范誤判或違規處理的可能性。
1.確保完成配額。
主要包括:整合金融機構社會角色許可證、金融機構開戶、一般稅收配額認定、貿易商登記、出口收匯登記、電子經濟特區網絡配額認定、出口退(免)稅配額備案。
2.遵守報告期限。
根據現行明確規定，出口企業申報的退(免)稅一般不能超過出口當月至次年4月30日的最終稅率申報期。超過申報期限的，可以在次月申報免稅；否則相當于金華財稅網出口退稅申報。
3.別忘了歸檔文件。
出口企業未能按時裝訂、保存和保管備案文件的(由于出口貨物交易方式的優勢，企業沒有相關備案文件的情況除外)，主管稅務機關應遵照執行
稅收征管
該法第六十條明確規定，應當給予處罰，同時不得申報退(免)稅，適用免稅政策。已申報退(免)稅的，原申報以正申報抵減。